1、概念不同：

乳酸菌是一類能利用可發酵碳水化合物產生大量乳酸的細菌的統稱。這類細菌在自然界分布極為廣泛，具有豐富的物種多樣性，至少包含18個屬，共200多種。

益生菌是通過定殖在人體內，改變宿主某一部位菌群組成的一類對宿主有益的活性微生物。通過調節宿主黏膜與系統免疫功能或通過調節腸道內菌群平衡，促進營養吸收保持腸道健康的作用，從而產生有利于健康作用的單微生物或組成明確的混合微生物。

2、分布不同：

乳酸菌分布廣泛，通常存在于肉、乳和蔬菜等食品及其制品中。此外，乳酸菌也廣泛存在于畜、禽腸道及少數臨床樣品中，其中，在人類和其他哺乳動物的口腔、腸道等環境中的乳酸菌，是構成特定區域正常微生物菌群的重要成員。

人體、動物體內有益的細菌或真菌主要有酵母菌、益生芽孢菌、丁酸梭菌、乳桿菌、雙歧桿菌、放線菌等。