乳酸菌是發酵糖類主要產物為乳酸的一類無芽孢、革蘭氏染色陽性細菌，其包含許多種屬。大多數乳酸菌不運動，少數以周毛運動，菌體常排列成鏈。乳酸鏈球菌族，菌體球狀，通常成對或成鏈。乳酸桿菌族，菌體桿狀，單個或成鏈，有時成絲狀，產生假分枝。普通的乳酸菌，活力極弱，它們只能在相對受限制的環境中存活，一但脫離這些環境，其自身就會遭到滅亡。

從分類上而言，乳酸菌作為真細菌綱目中的乳酸細菌科，形態上可分成球菌、桿菌。其中，球形乳酸菌包括鏈球菌、明串珠菌屬、片球菌；桿狀菌包括乳球菌、乳桿菌、雙歧桿菌等；從生長溫度上而言，可分成高溫型、中溫型；從發酵類型而言，可分成同型發酵、異型發酵； 從來源上分，大體上可分為動物源乳酸菌和植物源乳酸菌。

按照Berry細菌學手冊中的生化分類法，乳酸菌可分為乳桿菌屬、鏈球菌屬、明串珠菌屬、雙歧桿菌屬和片球菌屬，共5個屬。

乳桿菌屬

乳桿菌細胞形態多樣，（0.5~1.2）μm×（1.0~10.0）μm。長或細長桿狀彎曲形短桿狀及棒形球桿狀，通常成短鏈。革蘭氏陽性，不生孢。細胞罕見以周生鞭毛運動。在營養瓊脂上的菌落凸起、全緣無色，直徑2mm~5mm。

片球菌屬

片球菌的細胞呈球形，永不延長，直徑12μm~20μm。在適宜條件下，分裂以直二個方向形成四聯，雖有時也可出現成對排列，單個細胞見，不形成鏈狀。不運動，不產芽孢。

鏈球菌屬

鏈球菌的菌體球成卵圓形，直徑不超過2μm，呈鏈狀排列。無芽孢，大多數無鞭毛，幼齡菌（2~3小時培養物）常有莢膜。在液體培養基中常呈沉淀生長，但也有的呈均勻混濁生長（如肺炎鏈球菌）；在固體培養基上形成細小表面光滑、圓形灰白色、半透明或不透明的菌落。在血平板上生長的菌落周圉，可出現性質不同的溶血圈。

雙歧桿菌屬

雙歧桿菌是形態很不一致的桿菌，（0.5~1.3）μm×（1.5~8）μm，常呈彎、棒狀和分支狀。單生、成對、Ⅴ字排列，有時成鏈，細胞平行成柵欄狀，或玫瑰花結狀。偶爾呈膨大的球桿狀。

陰串珠菌屬

陰串珠菌細胞呈球形或豆狀，成對或成鏈排列。在自然生長環境中，明串珠菌細胞呈對或短鏈狀排列；在某些競爭性生長的環境中，細胞排列成較長的鏈。